La differenza principale è il metodo di macinazione, nella macinazione a martelli la farina si ottiene per urto, ovvero il martello frantuma il chicco colpendolo a grande velocità fintanto che non è abbastanza fine da poter uscire dalla griglia (solitamente con fori non piu piccoli di 1mm di diametro) la farina così ottenuta risulterà abbastanza grossolana e molto poco "soffice" per questa ragione questo tipo di macinazione si usa principalmente in campo Zootecnico, in capo umano viene utilizzato per frantumare proditti diversi dai cereali come spezie ecc...
La macinazione a Cilindri a livello Idustriale è un complesso processo che avvine in piu passaggi, in poche parole il chicco viene macinato mediamente in 15/20 passaggi viva via sempre più fini, dopo ogni passaggio lo sfarinato viene setacciato, in modo da togliere tutto quello chè già farina mentre il resto viene ripassato nel passaggio successivo e così via.
in questo modo però vengono eliminate componenti particolarmente nutritive del chicco come ad esempio il germe, la crusca , la vitamina E ecc...
La macinazione a pietra avviene per attrito tra le macine e il chicco, il quale gradualmente si macina, i vantaggi di questo tipo di macinazione è che la farina ottenuta all' uscita della macina sarà molto più fine di quella ottenibile con un molino a martelli e risulterà uin oltre molto "soffice e vaporosa" questa potrà poi essere setacciata in modo da eliminare la crusca in eccesso ottenendo così un prodotto particolarmente adatto per fare pane pasta e qualsiasi altra cosa.
Il vantaggio più grande della macinazione a pietra rispetto a quella a cilindri è che nella farina ottenuta troviamo Fibre, Carboidrati, Germe, Vitamine e tutto quello che naturalmente compone il chicco di grano, nella macinazione a cilindri a livello industriale vine tolto praticamnente tutto, tenenedo solo una polvere bianca chiamata Farina "0" o "00" particolarmente povera di sostanze nutritive.